【4.2.6】预测RNA二级结构LinearPartition

一、安装

• 需要python2.7

• 需要Pdflatex

  cd /data/software git clone https://github.com/shanry/LinearPartition.git cd /data/software/LinearPartition make

latex一直缺库，最后直接用的线上的latex工具：

• https://www.overleaf.com/
• https://texviewer.herokuapp.com/ (个人推荐这个)

二、使用

[root@4c2bdfc52747 LinearPartition]# echo GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA | ./linearpartition -V -M --rewrite test.bpp --mea_prefix test.ss

三、我得案例

cat test/cfl.fa | ./linearpartition -V -M --rewrite test/cfl.bpp --mea_prefix test/cfl.ss
cat test/cfl.ss_1 | ./draw_bpp_plot test/cfl.bpp

四、报错

4.1 sequence and structure lengths are not the same

seq_name=0101
cat bpp/"$seq_name".fa| ./linearpartition -V -M  --rewrite bpp/"$seq_name".bpp --mea_prefix bpp/"$seq_name".ss ;

报错： sequence and structure lengths are not the same

观察到的结构比序列多一个字符串。

解决办法：

echo  GGAAGACCCTCGACCGTCGATTGTCCACT | ./linearpartition -V -M --rewrite bpp/"$seq_name".bpp --mea_prefix bpp/"$seq_name".ss ;

不知道为啥能解决，很奇怪。。

参考资料

• https://github.com/shanry/LinearPartition